DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4306 Cc1cc(O)cc(C2CCc3c(cc(O)c4c3OCC(O)C4)C(O)C(N)CC2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4307 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)cc(O)c3CC2O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4308 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4309 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)cc(O)c3CC(O)CO2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4310 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC(N)C(=O)N2C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4311 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)c(O)c3C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4312 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(CCCC(O)C3)Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4313 Cc1cc(O)cc(C(O)CCCC2CC(O)COc3cccc(O)c3CC(O)CO2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4314 CC(O)C(O)c1cc(C2CCCCC2)cc(O)c1OCC(O)C(O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4315 Cc1cc(O)cc(C2CCc3c(cc(O)c4c3CCCC=C4)C(O)C(N)CC2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4316 CC(O)C(O)c1cc(-c2cc(OCC3CCCCC3)cc(C3CCC(O)c4ccc(O)cc4C3)c2)cc(O)c1O AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4317 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(CCCC(O)C3)Oc3ccc(C(=O)O)cc32)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4318 CC(O)C(O)c1cc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=N)NC4=O)CC3)cc2)cc(O)c1O AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4319 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CCCN2C(=O)CO)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4320 CC(O)C(O)c1cc(-c2cc(OC3CCCCC3)cc(C3CCCC3O)c2)cc(O)c1O AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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