DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4351 Cc1cc(O)cc(C2CC(O)C(O)c3cc(O)ccc3CC2O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4352 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC(O)C3(CCCC3)OC2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4353 Cc1cc(O)c(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC(O)CO2)o1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4354 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(CCCC(O)C3)Oc3ccc(S(N)(=O)=O)cc32)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4355 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(CCCC3)C(O)C(NC(=O)c3ccccc3)CCC3(CCCCC3)C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4356 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC2O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4357 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(C=CCCC(O)C3)Oc3ccc(C(=O)O)cc32)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4358 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c(C(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4359 COc1cc(-c2ccc(Cc3cnc4ccc(C(=O)O)cc4c3)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4360 COc1cc(-c2cncc(Cl)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C3(OC(=O)Nc4ccccc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4361 COc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2C#N)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4362 COc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1C(=O)N1CCN(c2nc3cc(C(F)(F)F)ccc3o2)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4363 COc1cc(-c2cc3cc(C(F)(F)F)ccc3cn2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4364 COc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4365 COc1cc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)N1CCN(c2ccc(OCC3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6I64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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