DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4261 O=C(CN1CCC(O)C1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4262 O=C(OCc1ccccc1)N1CCCCC1c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4M12 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4263 Cc1ccc(C)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(CNC(=O)C4CCCCC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4264 Cc1ccc(C(=O)NCC2CCCCC2O)c(Cl)c1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4265 FC(F)(F)c1cccc(COc2cccc(-c3ccccc3)n2)c1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4266 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccccc2)cc1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4267 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccccc1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4268 FC(F)(F)c1cccc(COC2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4M12 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4269 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(CO)C3NC(=O)/C=C\c4ccccc4O3)cc2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4270 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3NC(=O)c4cc(O)ccc4C3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4271 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(N3CCN(C)CC3)cc2)cc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4272 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(CO)c3cccc(-c4cc(N)nc(N)c4N)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4273 CN1CCN(C(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccccc4N)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4274 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(CO)c3cccc(OCc4ccccc4F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4275 CN1CCN(c2cccc(-c3cc(-c4ccccc4)nc(N)n3)c2)CC1 AlphaDrug 6Q54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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