DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4246 CCC(CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(Cl)cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1)c1cccc(N)c1 AlphaDrug 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4247 CC1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4248 CCC(CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2ccccc2Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1)c1cccc(N)c1 AlphaDrug 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4249 CCC(C(=O)N1CCN(C)CC1)c1cccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4250 CCC(CC(=O)N1CCC(Oc2cccc(-c3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c2)CC1)C(=O)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4251 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1C(=O)O)c1cc2c(C3CC3)cccc2[nH]1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4252 O=C(O)c1cc(Cl)ccc1-c1ccc(N2CCCC2)cn1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4253 O=C(NN1CCCC1)c1ccc(-c2ccc(Cl)cc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4254 O=C(O)c1c(F)cc(F)cc1CCC(O)CCC(=O)N1CCC2(CCCC2)CC1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4255 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(Cl)cc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4256 O=C(Nc1cc2ccccc2cc1-c1ccccc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4257 O=C(O)c1cc(Cl)ccc1-c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4258 O=C(CCOc1cc(Cl)c(O)cc1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1C(=O)O)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4259 O=C(O)c1cc(Cl)ccc1-c1ccc2c(c1)OCCCC2 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4260 O=C(CCCCCCCCc1ccc2ccccc2c1C(=O)O)Oc1ccc(C(=O)N2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5CJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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