DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4126 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-n3cnc4cc(C(=O)O)ccc43)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4127 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(/C3=C/C=C(/c4ccnnc4)C(=O)NC(C(N)=O)c4ccccc43)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4128 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-c3cc(O)cc(Cl)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4129 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4130 Cc1cccc(O)c1C(=O)Nc1cccc(-c2ccc(CN3CCOCC3)cc2)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4131 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3cccc(OC(F)(F)F)c3)c3ccc(O)c4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4132 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4133 Cc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc2nc(Nc3ccc(C(=O)O)cc3)n(CC3CC3)c(=O)c12 AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4134 Cc1ccc(-n2cccn2)cc1-c1cc(C)c2c(c1)nc(Nc1cccnc1)n2C AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4135 Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1cc(C)c2c(c1)nc(Nc1ccc3c(C(=O)N4CCOCC4)cccc3c1)n2C AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4136 Cc1cc(Cl)ccc1CNC(=O)c1ccnc(Oc2ccc(Cl)cc2C)c1 AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4137 Cc1cc(-c2nnn[nH]2)cc2nc(Nc3ccc(C(=O)O)cc3)n(Cc3ccccc3)c(=O)c12 AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4138 Cc1cc(-c2cc(F)c(F)cn2)ccc1NC(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1OCC(=O)O AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4139 Cc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc2nc(Nc3ccc(C(=O)O)cc3)n(C)c(=O)c12 AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4140 Cc1cc(-c2ccncc2)cc2nc(Nc3ccc(F)cc3)n(C)c(=O)c12 AlphaDrug 5VB7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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