DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4006 Nc1nc2c(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)cccc2n1CCOc1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 6S4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4007 Nc1nc2c(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)cccc2n1Cc1ccc2cc(F)ccc2n1 AlphaDrug 6S4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4008 CC1CCCN(C2=CC(CNC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4009 Cc1cc(-c2nnc(C3CCNCC3)o2)ccc1N1CCC(C(=O)N2CCC=CC(C)C2)CC1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4010 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC(=O)N(C)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)C=CN1C AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4011 CC1CN(S(=O)(=O)c2cccc(N3C=CN(C(=O)CNC4(c5ccc(C(F)(F)F)cc5)CCCC4)CC3)c2)CCN1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4012 CC1CCCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4013 CC1CN(c2ccc(-c3ncc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)o3)cc2)CCN1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4014 CC1(C)CCCN(C2CCN(c3ccc(C(=O)NC(=O)N4CCC(N5CCOCC5=O)CC4)cc3)CC2)C1 AlphaDrug 6G2O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4015 CC1CCCN(C(=O)c2ccc(N3CCN(C(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4016 CC1CCCN(C2CCN(C3CCN(C(=O)c4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)CC3)CC2)CC1 AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4017 CC1C(=O)CN(c2ccc(C(=O)NC(=O)N3CCN(c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)cc2C(F)(F)F)CCN1CCN(C)C AlphaDrug 6G2O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4018 CC1CN(C(=O)c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)CCN1C AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4019 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)Cc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4020 CC1CN(C(=O)c2ccc(N)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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