DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3976 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(OCc3ccccc3)cc2)C2CCC(NC(=O)CNC(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3977 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(C)c(N)c2)C(CO)C(=O)/N=C/c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3978 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(O)C(=O)O)C2(CCC(CO)C(C)(C)N3COc4cc(OC)ccc4C3=O)CCOC2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3979 N#Cc1ccc2cc(-c3nc(Nc4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)c4ccccc4n3)ccc2n1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3980 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3F)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3981 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nn2-c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3982 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3ccc(NCC(=O)O)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3983 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3ccc(-c4ccccc4)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3984 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc3cc(-c4ccc(Cl)cc4)ccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3985 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3986 C#Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)c2c(N)nc(N3CCCCC3)nc2n1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3987 N#Cc1ccc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc(Nc3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)c2c1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3988 NS(=O)(=O)c1ccc(-c2nc3ccc(Cl)cc3n2CCCCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3989 CC1(C)CC(c2ccc(O)c(O)c2)CC(C)(C)c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(NC(=O)c4ccc(N5CCOCC5)cc4)cc3)cnc2N1 AlphaDrug 5CS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3990 CC1(C)CCN(c2ccc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(F)cc4)n3)cc2)C=CO1 AlphaDrug 5CS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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