Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3946	Cc1ccc(C(=O)NC(c2ccccc2)C2/C=C\C(OCCC(C)C)=C/C=C(/c3ccccc3)C2)cc1C(F)(F)F	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3947	CC(C)CS(=O)(=O)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccc(Cl)cc1)N1CCCC1C(=O)NC1C=CC=C1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3948	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1ccc(CC(C)CC2CCCC2)cc1-c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3949	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCC(C4CCC4C(=O)N4CCCC4)CC3)cc2)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3950	Cc1c(C(=O)NCC(C)C)c2c(n1CC(=O)NCCCc1ccccc1)CCCC2	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3951	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2cccc(C(=O)NCC3CCN(c4ccc5c(-c6ccccc6)cccc5n4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3952	CC(C)CN(CC(C)C(=O)O)C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3953	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2cccc(CNc3nc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc4ccccc34)c2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3954	CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)NCCCc3ccccc3)cc2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3955	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2nc(C(=O)O)sc2C(=O)NCCc2ccccc2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3956	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2cccc(CO)c2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3957	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2cccc3c(C(=O)NCC4CCCCC4)c[nH]c23)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3958	CC(C)CNC(=O)c1cccc(-c2ncc(-c3ccccc3)s2)c1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3959	CC(CN1CC(C)(C)C1)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC(O)CN3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4UNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3960	CC1(C)/C=C/C(Cc2ccc(-c3ccccc3)nc2)NC(=O)c2ccc(cc2)CN(S(=O)(=O)c2ccncc2)C1	AlphaDrug	3WZ6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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