DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38641 CN1CCN2C(=O)c3cc(O)cc4c3C(C=C4)CC2C1 Pocket2Mol 4YHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38642 CC1(C)CCN(C(=O)c2cc(O)cc(C(N)=O)c2)CC1 Pocket2Mol 4YHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38643 CC1CCC(N2C(=O)Cc3ccc(O)cc3C2=O)C1 Pocket2Mol 4YHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38644 c1cnc2c(ccc3ncnc(N4CCNCC4)c32)n1 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38645 CC(C)Nc1ncnc2c(O)cc3nccnc3c12 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38646 Cc1ccc2[nH]c(=O)c3c(c2n1)C1=NC=CC1=CC3 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38647 C=C1Cc2c(c(NC(C)=O)c[nH]c2=O)C2=NC(N)CC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38648 C=C1Cc2c(c(NCC)c(C)[nH]c2=O)C2=NC(N)=NC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38649 C=C1Cc2c(c3ncccc3[nH]c2=O)C2=NC(N)=NC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38650 CC(C)Nc1ncnc2c1C1=NC=CC1C=C2O Pocket2Mol 4ZZZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38651 C=C1Cc2c(c(NC(C)=O)c[nH]c2=O)C2=NC(N)=CC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38652 C=C1Cc2c(c(NC(C)=O)c[nH]c2=O)C2=NC(N)NC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38653 C=C1Cc2c(c(NC(C)=O)c[nH]c2=O)C2=NC(N)=NC12 Pocket2Mol 4ZZZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38654 CCC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3O)cc2)nc1 Pocket2Mol 5EYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38655 COC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3O)cc2)nc1 Pocket2Mol 5EYR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38641 to 38655 of 73725 items. Total 4915 pages.