Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38581	C=C1CCCNCc2ccc3occ(c3c2)-c2ccc3c4c(cccc24)Cn2c-3c(cc(C=O)c2=O)OCO1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38582	Cc1ccn(C(=O)C2=C3c4cc5c(C(=O)O)cc(O)c(O)c5c5cccc(c45)CN3C(=O)C2CN)c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38583	Cc1ccc2occ(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4cccc(C(=O)O)c4)cc(C=O)c3=O)c2c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38584	NC(=O)C1=NC2=NC=CC(O)C2=C1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38585	CC1=C2CC(=C1)OCOc1cc(N)c(=O)n3c1-c1ccc(c4cccc(c14)C3)C1=CN=NC1c1cccc2c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38586	CC1=NC2=CC3CC(C)CN3CN2C1=O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38587	COC(=O)c1cnc2nc(-c3nc[nH]c3N)nc(N)c2c1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38588	O=P(O)(O)O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38589	COc1cccc(F)c1OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3coc4ccccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38590	O=C(O)COC(=O)c1c2n(c3ncncc13)Cc1cccc3c(C(=O)O)c(O)cc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38591	CN1C=NC2NC3=c4c(ncnc4=C2C1=O)N=CC3	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38592	Cc1cc2ccc1-c1cccc(c1)C1C=NC=C1c1ccc3c4c(cccc14)Cn1c-3c(cc(N)c1=O)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38593	C=C(OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cncc4cc(N)ccc34)c3cccc(c13)C2)C(=O)O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38594	NC(=O)c1c(Oc2cc(O)c3cc[nH]c3c2)cccc1C(=O)O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38595	Nc1cc(OCOc2ccccc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5c4C=CC5)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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