Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38536	O=c1c(CO)cc2c3n1Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1ccnc3ccc(cc13)CCC1C=CC=C(CC1)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38537	Cc1cc(-c2cccc3c2CC2=C(CNC(=O)O)C(CN)C(=O)N2C3)cc(C(=O)O)c1C	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38538	Cc1ccc2occ(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4ccccc4)cc(N)c3=O)c2c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38539	Cc1cc2c(O)cc1-c1cc(ccc1O)-c1cscc1-c1ccc3c4c(cccc14)Cn1c-3c(cc(N)c1=O)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38540	Nc1cc2c3n(c1=O)Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1ccnc3ccc(cc13)CNC1CCC=C(OCO2)C(=O)N1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38541	CC1N=NC=C1c1ccc2c3c(cccc13)Cn1c-2c(C(=O)OCC(=O)O)c2cccnc21	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38542	CC1Cc2c(ncc(C(N)=O)c2NC(=O)CN)NC1=O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38543	O=c1cc2c3c4n(cc(-c5ccoc5)c(=O)n14)CC(O)C3C1CNCCC1=N2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38544	Cc1c(O)cc2c(c1O)Cc1c(N)cc3c(c1O2)C(=CC(N)=O)C=CC=C3	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38545	CN1C=C2CN3Cc4nc(N)ccc4C4NC(=O)C(=C43)N2C1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38546	Nc1nc2c(ccc3nccnc32)cc1C1=NC(C(=O)O)=CC1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38547	CCC1C(=O)n2c(=O)c3cccc4c(C(=O)c5ccccc5)ccc(c2=C1C(=O)O)c43	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38548	Cc1ccccc1OCOc1cc(CN)c(=O)n2c1-c1ccc(C3=CCOc4ccccc43)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38549	CCC1Cn2c(=O)c3cccc4c(C(N)=O)c(-c5ccccn5)cc(c2=C1C(=O)OCC(=O)O)c43	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38550	CCC1C(=O)N2Cc3cccc4c3c(cc3c(C(=O)O)cc(O)c(O)c34)C2=C1C(=O)N1CCCC1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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