Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38506	O=C1CCC23C=Cc4ccc([N+](=O)[O-])cc4C12CCC3	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38507	CCOC(=O)C1=C2c3nc4c(C(=O)O)cc(C(=O)O)cc4c4cccc(c34)CN2C(=O)C1CC	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38508	NC(=O)c1c(Oc2cc(O)c(O)c3c2OCCO3)cc(N)cc1C(=O)O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38509	NCc1cnc2c(O)nccc2n1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38510	O=c1c(CO)cc(OCOc2ccccc2O)c2n1Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38511	Cc1ccc2c(c1)C(c1ccc3c4c(cccc14)Cn1c-3c(OCOc3ccccc3C)cc(C)c1=O)=CCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38512	Cc1cccc2cc3c(cc12)C(=O)NC1C=Cc2[nH]c4c(c2N1)C1N/C(=C\C=N\3)NNC1=NC4	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38513	CC=Cc1cccc(OCOc2cc(N)c(=O)n3c2-c2ccc(-c4cncc5sccc45)c4cccc(c24)C3)c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38514	Cc1cc2c(cc1O)OCC=C2c1ccc2c3c(cccc13)Cn1c-2c(OCOc2ccccc2C)cc(C)c1=O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38515	C=C(OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cncc4nc(N)ccc34)c3cccc(c13)C2)C(=O)O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38516	Nc1cc(OCOC(=O)O)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5cc(C(=O)O)ccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38517	O=C(O)COC(=O)c1c2cccnc2n2c(=O)c3cccc4c(C(=O)O)c(CO)cc(c43)c12	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38518	COC(=O)c1c2ccccc2n2c(=O)c3cc(O)cc4c5cc(C(=O)O)ncc5cc(c34)c12	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38519	Nc1cc(OCOc2cccc(C(=O)O)c2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5ccc(O)cc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38520	Cc1ccc(O)c(OCOc2cc(C=O)c(=O)n3c2-c2ccc(-c4coc5ccccc45)c4cccc(c24)C3)c1F	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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