Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38551	O=C(O)COC(=O)c1c2ccccc2n2c(=O)c3cccc4c(C(=O)O)c(CO)cc(c43)c12	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38552	Nc1cc(OCOc2ccc(O)cc2O)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4coc5ccccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38553	O=C(O)c1cc2c(cn1)nc1c3c(cc(O)cc23)c(=O)n2c3ccccc3c(C(=O)O)c12	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38554	Cc1cc2c(O)cc1-c1cc(ccc1O)-c1cocc1-c1ccc3c4c(cccc14)Cn1c-3c(cc(N)c1=O)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38555	O=Cc1cc(OCOc2ccccc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38556	Cc1cc2c3n(c1=O)Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1csc3ccc(cc13)/C=N/Oc1ccc(cc1)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38557	C=C1CCCNC/C=C/c2ccncc2-c2ccc3c4c(cccc24)Cn2c-3c(cc(N)c2=O)OCO1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38558	O=C1CC(=O)N2c3ccnc4c3C(=NC2O1)C=CN4	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38559	COC(O)=C1Cn2cc(C3=CC=C=C3)c(=O)n3c(=O)cc4nc(C(N)=O)cc1c4c23	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38560	Nc1cc(OCOc2cccc(C=CO)c2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5sccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38561	NC1=NC=NC2=NCN=CC12	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38562	Cc1cccc2cc3c(cc12)C(=O)NC1=CCc2[nH]c4c(c2N1)C1N/C(=C\C=N\3)NNC1=CC4	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38563	CNC(=O)c1ncnc2c1NC(=CC=Nc1cn(C)cc1C)N=C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38564	OCOC=C(Oc1ccccc1)c1cccnc1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38565	C1=Cc2nc3ccncc3c3ncnc(c23)N1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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