Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38596	O=C(O)COC(=O)c1c2n(c3ncccc13)Cc1cccc3c(C4=CN=CC4)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38597	Nc1cc(OCOc2ccc(O)cc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4coc5ccccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38598	Cc1cccc2cc3c(cc12)C(=O)NC(=O)Nc1c[nH]c2c1C1N/C(=C\C=N\3)NNC1=NC2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38599	Cc1cc2c(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4ccccc4)cc(CO)c3=O)cnnc2cc1O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38600	O=c1nc2n(c3c(=O)n(O)ccc13)CCC2	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38601	Nc1cc(OCOc2cccc(O)c2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cncc5ccc(O)cc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38602	C1=C2Cc3n[nH]nc3CN2Cc2cncn21	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38603	COCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cnnc4cc(O)ccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38604	CNC(=O)C1=C2Cc3c(cccc3-c3cc(O)cc(O)c3)CN2C(=O)C1CN	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38605	Cc1ccc2occ(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4cc(C(=O)O)ccc4O)cc(N)c3=O)c2c1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38606	COc1c(O)ccc(F)c1OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3coc4ccccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38607	NC(=O)C(=O)N1CN=C2C=CNc3ncnc1c32	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38608	O=P(O)(O)OCc1c2n(c3ncccc13)Cc1cccc3c(-c4ccccc4)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38609	CC=Cc1cc(N)c2c(c1C=CC(N)=O)Oc1cc(O)c(C)c(O)c1C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38610	Cc1cccc2cc3c(cc12)C(=O)NC1=CCc2[nH]c4c(c2N1)C1N/C(=C\C=N\3)NNC1=NC4	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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