Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38566	O=C(O)COC(=O)c1c2c(n3c(=O)c4cccc5c(C(=O)O)c(C(=O)O)cc(c54)c13)=CSCC=2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38567	Cc1cc2c3n(c(=O)c4cccc(c1C(=O)O)c42)CC(CO)C=3C(=O)OCC(=O)O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38568	Nc1cc(OCOc2cc(C(=O)O)ccc2O)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38569	CC1=C2CC(C)Nc3nccc4nc(n2c34)NN1O	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38570	CCc1cc2n(c1)c1ncncc1c1cc(-c3ccccc3)cc(=O)n12	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38571	Nc1cc(OCOc2ccc(O)cc2F)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38572	Nc1cc(OCOc2ccc(O)cc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38573	Nc1cc(OCOc2ccc(O)cc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(C4=CCOc5cc(C(=O)O)ccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38574	O=C1OCc2ccc(cc2)OCOc2cc(CO)c(=O)n3c2-c2ccc(c4cccc(c24)C3)-c2csc3ccc1cc23	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38575	Nc1ccc2c(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOC(=O)C(=O)O)cc(C=O)c3=O)cncc2n1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38576	NC(=O)C(=O)OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cncc4nc(N)ccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38577	Cc1cc2c(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4ccccc4)cc(C=O)c3=O)cnnc2nc1O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38578	NCC1C(=O)N2Cc3cccc4c3c(cc3c(C(=O)O)c(O)cc(O)c34)C2=C1C(=O)N1CC=CO1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38579	O=c1c(CO)cc2c3n1Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1coc3ccc(cc13)CCCc1ccc(cc1)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38580	O=C1NCc2ccc(cc2)OCOc2cc(CO)c(=O)n3c2-c2ccc(c4cccc(c24)C3)-c2coc3ccc1cc23	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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