Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38521	Nc1cc(OCOc2ccccc2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5sccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38522	COC(=O)c1ccc2c(c1)c1cncnc1n1c3ncccc3c(CNON)c21	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38523	Nc1cc(OCOc2cc(O)ccc2OO)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4ccnc5ccccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38524	Cc1cc2c(-c3ccc4c5c(cccc35)Cn3c-4c(OCOc4ccccc4)cc(C=O)c3=O)cnnc2cc1O	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38525	Nc1cc(OCOc2cccc(O)c2)c2n(c1=O)Cc1cccc3c(-c4cnnc5ncccc45)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38526	O=Cc1cc2c3n(c1=O)Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1coc3ccc(cc13)C(=O)OCc1ccc(cc1)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38527	NC1=NC=C=C2CC(O)=CN21	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38528	O=c1c(CO)cc(OCOc2ccccc2)c2n1Cc1cccc3c(C4=CCOc5ccccc54)ccc-2c13	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38529	CC(=O)OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cncc4cc(O)ccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38530	CC(=O)OCOc1cc(C=O)c(=O)n2c1-c1ccc(-c3cncc4nc(O)ccc34)c3cccc(c13)C2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38531	C=C1/C=C\C(=O)NCc2ccc3cncc(c3c2)-c2ccc3c4c(cccc24)Cn2c-3c(cc(CO)c2=O)OCO1	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38532	Cc1cc2c(O)cc1-c1cccc(c1)-c1cscc1-c1ccc3c4c(cccc14)Cn1c-3c(cc(N)c1=O)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38533	O=c1c(CO)cc2c3n1Cc1cccc4c(ccc-3c14)-c1cnnc3cnc(cc13)/C=C/Oc1ccc(cc1)OCO2	Pocket2Mol	3DZH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38534	Nc1nc2c(ccc3cccnc32)cc1C1=NC(C(=O)O)=CC1	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38535	CCC1Cn2c(=O)c3cccc4c(C(=O)O)ccc(c2=C1C(=O)OCC(=O)O)c43	Pocket2Mol	3DZH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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