DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39061 Cc1ccnc(CC(=O)O)c1 Pocket2Mol 4U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39062 O=C(O)Cc1ccc(F)cn1 Pocket2Mol 4U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39063 O=C(O)Cc1cc(Cl)ccn1 Pocket2Mol 4U6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39064 CC1(C)CCCc2cc3c(cc21)-c1c(c(F)cc2c1CCCC2)Cc1cscc1O3 Pocket2Mol 5L7G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39065 CC(C(=O)O)c1ccc2c(c1)-c1c(c(F)cc3c1CCCC3)Cc1ccccc1O2 Pocket2Mol 5L7G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39066 CC1CCCc2cc3c(cc21)-c1c(c(F)cc2c1CCC=C2)Cc1ccccc1O3 Pocket2Mol 5L7G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39067 CC1CCCc2cc3c(cc21)-c1c(c(F)cc2c1CCCC2)Cc1cscc1O3 Pocket2Mol 5L7G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39068 CCCC1CCCC2N=c3cc(O)cc(O)c3=C12 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39069 CCCC1CCCC2N=c3cc(O)ccc3=C12 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39070 O=C1NC=C2CCOc3cccc4c3=C2C1N=4 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39071 O=C1C=C=C2CCCc3cc(O)cc4c3=C2C1N=4 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39072 O=C1C=CC2CCCc3cc(O)cc4c3=C2C1N=4 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39073 CCCC1CC(C)C=C2N=c3cc(O)ccc3=C21 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39074 O=C(O)C1=C=c2ccccc2=N1 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39075 O=C1C=C=C2CN=Cc3cc(O)cc4c3=C2C1N=4 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

39061 to 39075 of 73725 items. Total 4915 pages.