DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39121 CNC1=C=CC=C1CN=C1O[C@@H](CC(C)C)[C@@H](O)[C@H](Oc2ccc3c(c2)CCNC3=O)[C@H](O)C1=O Pocket2Mol 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39122 CC(C)C[C@@H]1OC(=NCC[C@H]2C=CC=CC2=O)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](Oc2ccc3c(c2)CC=CC3)[C@@H]1O Pocket2Mol 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39123 CC(C)C[C@@H]1OC(=NCC[C@H]2C=CC=CC2=O)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](Oc2ccc3c(c2)CCCC3)[C@@H]1O Pocket2Mol 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39124 CC(C)C[C@@H]1OC(=NCC2=CC=CC2)C(=O)[C@@H](O)[C@@H](Oc2ccc3c(c2)CCN=C3)[C@@H]1O Pocket2Mol 4Q1Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39125 Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39126 Fc1ccc2cncnc2c1 Pocket2Mol 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39127 CN(O)c1ccccn1 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39128 CC(C)c1ccnc2cnccc12 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39129 O=c1[nH]c2c(O)cccc2cc1O Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39130 NC1=NC(=O)c2ccccc2C1 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39131 c1ncc2c(n1)NCN2C1CCCO1 Pocket2Mol 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39132 c1cnc2ncn(C3CCCO3)c2c1 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39133 Cc1ncc2cc(C)c(O)cc2n1 Pocket2Mol 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39134 O=C(O)c1ccc2c(c1)CCCO2 Pocket2Mol 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39135 O=C(O)C1=CC2C=CN=C2C=C1 Pocket2Mol 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

39121 to 39135 of 73725 items. Total 4915 pages.