DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39076 CCCC1CC(=O)C=C2N=c3cc(O)ccc3=C21 Pocket2Mol 6FCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39077 Cn1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(N)=O)c3)cnn2)c1 Pocket2Mol 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39078 Cc1cccc(-c2cc3c4c(cc5c(c(=O)ncn5C)c4n2)C=CC3)c1 Pocket2Mol 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39079 Cc1cncc(-c2cc3c4c(cc5c(c(=O)ncn5C)c4n2)C=CC3)c1 Pocket2Mol 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39080 NC1=NC2=C(N)C3C=CC=CC3=NC2=C1C(=O)O Pocket2Mol 6O95 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39081 CC1=CC2NC(=O)C(C(=O)Nc3c(F)ccc4c3CCNC4C(=O)O)=NC2C(C2CNC(C3=CCN(C)CC3)=N2)=C1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39082 CC1=CC2NC(=O)C(C(=O)Nc3cncc4c3CCNC4C(N)=O)=NC2C(C2CNC(C3=CCN(C)CC3)=N2)=C1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39083 COc1ccc2c(NC(=O)C3=NC4C(C5CNC(C6CCN(C)CC6)=N5)=CC(C)=CC4NC3=O)c(F)ccc2c1N Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39084 CC(=O)Nc1ccc2c(NC(=O)C3=NC4C(C5CNC(C6CCN(C)CC6)=N5)=CC(C)=CC4NC3=O)cccc2c1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39085 CC1=CC2NC(=O)C(C(=O)Nc3c(F)ccc4c3C=C=NC4C(=O)O)=NC2C(C2CNC(C3=CCN(C)CC3)=N2)=C1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39086 CC1=CC2NC(=O)C(C(=O)Nc3cc(C(O)CO)ccc3F)=NC2C(C2CNC(C3=CCN(C)C(=O)C3)=N2)=C1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39087 CC1=CC2NC(=O)C(C(=O)Nc3c(F)ccc4c3C=CNC4C(=O)O)=NC2C(C2CNC(C3=CCN(C)CC3)=N2)=C1 Pocket2Mol 5O9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39088 Cc1coc(C)c1 Pocket2Mol 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39089 COc1ccccc1 Pocket2Mol 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39090 Nc1cccnc1N Pocket2Mol 5N17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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