DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39391 O=C1N=C2N=C3N=Cc4ccccc4N3C3=C2C2C1CCCN2C(c1ccc2ccccc2c1)=N3 Pocket2Mol 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39392 Cc1ccc(C(=O)O)nc1 Pocket2Mol 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39393 CN1C(=O)NC(O)C(O)C1=O Pocket2Mol 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39394 O=C(O)c1ccc(O)c2c1CC(O)CO2 Pocket2Mol 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39395 CO Pocket2Mol 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39396 COc1ccc(-c2c(F)ccc(N)c2CN=CCCNCCO)c(O)c1O Pocket2Mol 6CFC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39397 CN(CCCO)C(=O)Cc1[nH]c2cc3oc(=O)ccc3cc2c1C(N)=O Pocket2Mol 6CFC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39398 COCCN(C)C(=O)Cc1ncc2cc3c(cc2c1C(N)=O)C=CC(O)O3 Pocket2Mol 6CFC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39399 COCCN(C)C(=O)Cc1nnc2cc3oc(=O)ccc3cc2c1C(N)=O Pocket2Mol 6CFC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39400 COCCN(C)C(=O)Cc1ncc2cc3oc(=O)ccc3cc2c1C(N)=O Pocket2Mol 6CFC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39401 Cc1cnc2cnc(CC(=O)O)c(C(N)=O)c2c1 Pocket2Mol 6CFC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39402 COc1ccc(-c2c(F)ccc(N)c2CN=CCCNC(C)=O)c(O)c1O Pocket2Mol 6CFC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39403 COc1c(C)cc2c(c1O)C(=O)N(C)C(=O)C2 Pocket2Mol 5ECT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39404 COc1c(C)cc2c(c1O)C(=O)N(C)CC2C Pocket2Mol 5ECT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39405 COc1c(C)cc2ccc(C(N)=O)cc2c1O Pocket2Mol 5ECT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

39391 to 39405 of 73725 items. Total 4915 pages.