Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
39451	O=C1C2CCNCCC2=c2[nH]c(=O)c3ccnc4c5cnc(=O)c5c5c(c34)n2N1C5	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39452	OC1=C[C@H](F)C(O)=C2Nc3cccc(C=C4COCCc5ccccc5O4)c3C=C12	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39453	Nc1ncc2c3c1NCN3c1nc3c(ncn3-c3ccncc3F)c3c1=C(CC=3)C2	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39454	Cc1cccc2c1[nH]c(=O)n2CC1=NCC=C1c1cn(-c2cc(F)ccc2F)cn1	Pocket2Mol	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39455	Nc1c(=O)n2c3c4c(cccc14)Oc1c(CNc4ccc(F)cc4)ccc(c1-3)NC2	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39456	O=C(O)c1cn(Cc2ccccc2-c2cn(-c3cc(F)ccc3F)cn2)c(=O)[nH]1	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39457	Cn1ncc2c3nccc4c3c3c(c21)CN1C(=O)c2cc(O)ccc2C(NC4=O)N31	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39458	Oc1ccc(O)c(O)c1	Pocket2Mol	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39459	Cc1ccc(N2c3ccnc4ccc5c(c34)C3C(C=CN32)NC(C)(N)C5)c(C)c1	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39460	CN(CCC(=O)O)C(=O)c1ccccc1-c1cn(-c2cc(O)ccc2F)cn1	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39461	O=C1CC2CC3=C(CN2C(=O)N1)C(c1cn(-c2c(F)cccc2F)cn1)=CC3	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39462	O=C1NCC2=C1CN(C(=O)c1ccccc1-c1cn(-c3ccccc3F)cn1)CC2	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39463	O=C1NC(c2cccnc2)Cc2cccc(-c3cn(-c4cc(F)ccc4F)cn3)c21	Pocket2Mol	4M7T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39464	O=C1NC2c3ccc(O)cc3CN3Cc4c5c(c6nccc1c6c4N23)C=NS5(=O)=O	Pocket2Mol	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
39465	Cc1c2c3c(cccc3c(=O)n(C)c1=O)NC(=O)C1C=CC=C21	Pocket2Mol	4M7T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

39451 to 39465 of 73725 items. Total 4915 pages.