DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39466 Nc1ncc(-c2cnc3c(c2)C(O)NCN3)nc1-c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39467 Cn1ncc2c3nccc4c5n(c6c(CCCC(=O)O)ccn6c(cc21)c43)CCN=5 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39468 Cc1c(O)nc(=O)c2cccc3c2c1-c1ccccc1-c1ncccc1-3 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39469 Cc1cc(NC(=O)CC(=O)O)c2c(c1O)C1=CCCc3c(N)ncc(c31)CC2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39470 O=S1(=O)N=Cc2c1c1c3c4c(ccnc24)CNC2=C(C(O)C(O)CO)C=CN(C1)N23 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39471 CC1N=Cc2c1c1c3c4c(ccnc24)C(=O)N2CCC4=C(CCO)C(=O)N(C1)N3C42 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39472 Nc1ccc(C2=C(C=CC3=CCC[C@@H]4NN[C@@H](O)[C@H]4C3)CNC2)c(O)n1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39473 CC1C(=O)NC2C=Cc3c(N)ncc4c(=O)[nH]c1c2c34 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39474 CC1=C2C3=C4c5c(ccnc5C2C=N1)CN(C)C(=O)N4N(C=O)C3 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39475 Nc1ncc2c(=O)[nH]c3c4c(cc5c(O)cc1c2c53)OCOC4=O Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39476 Nc1ccc(C2=C(C=Cc3ccccc3)CC=C2)c(O)n1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39477 O=C(O)c1[nH]c(=O)n2c1CCc1scc3c1c-2nc1c3ncn1-c1ccncc1F Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39478 Cc1c2c3c(cccc3c(=O)n(C)c1=O)N(C)CC1C=CC=C21 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39479 O=C1NC(C(=O)O)Cc2cccc(-c3cn(-c4ccncc4F)cn3)c21 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39480 O=C1NC(=O)N2CC3C(c4cn(-c5c(F)cccc5F)cn4)=CNC3C3=NC=C1C32 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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