DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39496 CC1=Nc2cnc3cccc4c3c2C1CC4 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39497 O=C(O)C1CCCC(N(O)O)O1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39498 O=C(O)c1cn(CC2=C=NC=C2c2cn(-c3ccncc3F)cn2)c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39499 Cc1nc(O)c2c(c1C)CC(=Cc1ccc(N)cc1)c1ccncc1-2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39500 COc1ccc(N2c3ccnc4ccc5c(c34)C3C(CCN32)CC(C)(N)C5)c(C)c1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39501 Cc1noc(=O)c2c1cnc1cnc(N)cc12 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39502 Cc1c(N)nc(O)c2c1SC(=Cc1ccccc1)C1=C2C=CC1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39503 O=C1NC(=O)N2CC3C(c4cn(-c5c(F)cccc5F)cn4)=CNC3=C3CC=C1C32 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39504 Cc1c(=O)n2c3c4c(cccc14)Oc1c(CNc4ccccc4)ccc(c1-3)NC2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39505 CC1CC(C)(N)Cc2ccc3nc(N)cc4c3c2C1C1CCc2cc(O)ccc2N41 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39506 CC1C2=C3NCc4ccnc5c4c4c(c6c5cnn6C)CN(C(=O)C2CNC1O)N34 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39507 Nc1c(=O)n2c3c4c(cccc14)Oc1c(CNc4ccccc4)ccc(c1-3)NC2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39508 Nc1ncc2c3c1NCN3Cc1c(-c3cn(-c4ccncc4F)cn3)c[nH]c1C2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39509 CC1=C2C(C)=C3NC4=CC5(CCC(O)CC5)C5CN=C(c6ccnc(c63)C2C=N1)N45 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39510 CN1C=C2c3ncn(-c4cc(O)ccc4F)c3NC=C(NCC(=O)O)C2N1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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