DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39526 Cc1ccc2c(c1O)C(=O)N1C(CCC3CCN(C(O)C(O)C(O)O)C(=O)C31)C2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39527 Cn1ncc2c3nccc4c(=O)[nH]c5n6c(c(c21)CN6C=C1CNC(=O)CC=51)c43 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39528 C[C@@H]1CCOc2ccc(-c3cncc(C=CC(=O)O)c3)cc21 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39529 O=C1NC(=O)N2CC3C(c4cn(-c5c(F)cncc5F)cn4)=CNC3=C3CC=C1C32 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39530 Cc1ccc(-c2cccc(CC3=NC4C(=O)NC(O)CC4NC3=O)c2)c(O)n1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39531 C=C(C1=CC=C2CC(C)OCN2C1)c1cn(-c2c(F)cncc2F)cn1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39532 O=C(O)c1cn(CC2=C=CC=C2c2cn(-c3cc(F)ccc3F)cn2)c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39533 Cc1ccc2cc3n(c(=O)c2c1O)C1C(=O)N(C(O)C(O)CO)CCC1C3 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39534 CC(CO)CC1=c2[nH]c(=O)c3ccnc4c5c(c6c(c43)n2N(C=C1)C6)S(=O)(=O)N=C5 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39535 O=C1NC(=O)N2CC3C(c4cn(-c5c(F)cccc5F)cn4)=CNC3=C3NC=C1C32 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39536 O=C1Cc2cc(O)ccc2C=N1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39537 Cc1ccc2c(c1)c(=O)nc1n2-c2ccnc3ccc4c(c23)C1C(C)NC(C)(C)C4 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39538 Nc1ccccc1C(=O)O Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39539 Cc1cc2c(c(O)n1)C1=C(CNC1)C(=CC1=CCC[C@@H]3NC[C@@H](O)[C@H]3C1)CC2 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39540 Cc1ncc2c(=O)[nH]c3c4c2c1C=CC4Nc1c(C(=O)O)cccc1-3 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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