DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
39436 COc1ccc(O)c(O)c1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39437 O=C(O)c1[nH]c(=O)n2c1Cc1nccc(-c3cn(-c4cc(F)ccc4F)cn3)c1C2 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39438 CC(CCO)C1=C2NCc3ccnc4c5c(c6c(c34)N2N(C6)C(=O)N1)S(=O)(=O)N=C5 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39439 CC1OC2=Cc3cccc4c3C(CC2OC/C=C\1C(=O)O)CC4CC(=O)O Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39440 OC1=C=C(F)C(O)=C2Nc3cccc(C=C4COCCc5ccncc5O4)c3C=C12 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39441 Cc1cc2c3c4c5c(ccnc5c2cn1)C(=O)N1CC(C)(C)C2=NC(=O)N(C3)N4C21 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39442 Nc1nc2c3c4c(ccc3n1)CC(N)C1N=NC=C1C4=CN2c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39443 Cc1ccc(-c2cccc(CC3=NC4C(=O)N=CC(O)=C4NC3=O)c2)c(O)n1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39444 CC1CC(C)(N)Cc2ccc3nccc4c3c2C1=CN4c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39445 O=C(NO)C1Cc2cccc(-c3cn(-c4ccncc4F)cn3)c2CN1 Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39446 O=C(c1ccccc1-c1cn(-c2ccccc2F)cn1)N1CCc2ccncc2C1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39447 CC1(N)CC2CCC3C2c2c(ccc4ncc5c(c24)N3c2ccc(O)cc2C5)C1O Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39448 O=C(O)c1cn(Cc2ccccc2-c2cn(-c3ccncc3F)cn2)c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39449 CC1C2CC3OC/C=C(/CO)COC3=Cc3cccc(c32)C1C(=O)O Pocket2Mol 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
39450 O=C1NC2C3=NC=NC3CN2c2cccc(-c3cn(-c4cc(O)ccc4F)cn3)c21 Pocket2Mol 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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