DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43801 O=C(O)C=Cc1cc2c3c4c1N=C1N=CC=C(c5n[nH]c6c7c(c(c-3c56)CO2)Cc2ccccc2N7C(=O)O)C14 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43802 O=P(O)(O)OCCO Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43803 OC1COc2nc3cc4c5c6c3c3c2C1CC1OCC2OC7CCc8cnc9c(c8=C7C6C2N31)=C5C(=N9)CC4 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43804 NC1=Nc2c3c(cc4cc5sccc5cc24)-c2cc4c(cc2-c2nnccc2C13)N1C=CC(O)C=C1CC4 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43805 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)ncc1=Cc1cnnc2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43806 CC1=C2Cc3c(cc4c5c3ccc3ccc6c(c35)C(C(N)=N6)c3c[nH]nc3-4)N2CC=C1 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43807 CC1=CCN(O)C2=C1N=c1c2ccc(O)c1=Cc1ccnc2cc(C(=O)C(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43808 NC1=Nc2c3c(cc4cc5c(cc24)C=CC5)-c2cc4c(cc2-c2nnccc2C13)-n1cc(O)c(=O)cc1CC4 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43809 CCN1C2=CC3CC(=O)c4cnc5c6c4=C3C2c2c3c1cc(OC)nc3cc1ccc(c=6c21)=N5 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43810 O=C(O)C(=O)c1ccc(CC=c2cccc3c2=Nc2ccncc2-3)cc1 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43811 Cc1ccnc2c1N=c1c-2ccc(O)c1=Cc1c(C)[nH]c2cc(C(=O)C(N)=O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43812 Cc1ccnc2c1N=c1c-2cnc(O)c1=Cc1ccnc2cc(C(=O)C(N)=O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43813 Cc1cncc2c1N=c1c-2ccc(F)c1=Cc1c(C)[nH]c2cc(C(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43814 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)ncc1=Cc1cncc2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43815 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)cc(O)c1=Cc1c(C)[nH]c2cc(C(=O)C(N)=O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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