DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43861 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)nc(F)c1=Cc1cnnc2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43862 NC1=Nc2c3c(cc4cc5c(cc24)C=CC5)-c2cc4c(cc2-c2nnccc2C13)N1C=CC(O)C=C1CC4 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43863 C1=Cc2cccc3ncnc(c23)C1 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43864 Cc1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43865 Oc1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43866 C1=Nc2cccc3cccc(c23)N1 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43867 C1=Nc2cccc3ccnc(c23)N1 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43868 CC1=CC=CC2C(C)=CN=C12 Pocket2Mol 5G45 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43869 Oc1ccc2c(O)cccc2c1O Pocket2Mol 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43870 Cc1nc(CN)cc2ccccc12 Pocket2Mol 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43871 CC1=CC2C=CC3=C(N=c4ncc5c6c4C3C3CC(=O)c4cccc7cc(c-6c3c47)C(=O)N=5)N2C1=O Pocket2Mol 5L2S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43872 CCCn1c2c(ccc1=O)C1c3c(ncc4nc(=O)c5cc6cccc7c(=O)cc1c(c67)c5c34)=N2 Pocket2Mol 5L2S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43873 Cc1cc(F)ccc1N=C1N=CC2=NC(=O)c3cc4cccc(C#N)c4cc3C2=C1c1ccccc1 Pocket2Mol 5L2S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43874 N#Cc1c(O)ccc2cc3c(cc12)C1=C(c2ccccc2)C(=NCc2ccccc2)N=CC1=NC3=O Pocket2Mol 5L2S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43875 O=C1N=c2cnc3c4c2-c2c1cc1cccc5c1c2C(CC5=O)C4C=C(NCCO)N=3 Pocket2Mol 5L2S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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