Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
43921	NCc1c(O)ccc2c1CN(C1CCC(=O)C1)CC2	Pocket2Mol	5FHN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43922	CC(=O)NCC1CCc2c(cc(C(=O)O)[nH]c2=O)N1	Pocket2Mol	5FHN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43923	CN1C(=O)C2OC(=O)CCC2C2C(N)CCC21	Pocket2Mol	5FHN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43924	O=C(O)CCC1CC2=C3C4=C5c6c(c(O)cc7c6C(CC(=O)N7)CC5C2)CCC4C(=O)N2C4CC5CC=C(C(=O)O)C=C5C4C1N32	Pocket2Mol	4UAC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43925	O=C1CC2Cc3cc4c5c6c3C3=C(CCC6C(=O)N6C7CC(O)C8=CC=C(C(=O)O)C(C4)C(C87)N56)C(=O)CC(=C32)N1	Pocket2Mol	4UAC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43926	Cc1cc2c3c4c1CCC1C(=O)N5C6CC7CC=C8C=C7C6C6C(CCCCOC8=O)CC7=C(C1=C4C(C7)CC3CC(=O)N2)N65	Pocket2Mol	4UAC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43927	O=C1CC2CC3CC=C4C5=C3c3c(c(O)cc(c32)N1)CCC5C(=O)N1C2CC/C3=C\c5cscc5OC(=O)CC(O)CCC(C32)N41	Pocket2Mol	4UAC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43928	O=C(O)C=C1CC[C@@H]2[C@H]1[C@@H]1CCC3=C4C5=C6C7=C(CC[C@H]5C(=O)N2N41)C(=O)CC1=C7[C@H](CC(=O)N1)CC6C3	Pocket2Mol	4UAC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43929	CC1C(=O)NC(N)=C1O	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43930	CC(=O)NC(N)=O	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43931	Cn1ccncc1=O	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43932	NC(=O)c1ccccc1	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43933	Cn1c(N)nccc1=O	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43934	CC(=O)N(C)C	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
43935	Nc1ccc(O)c(N)c1	Pocket2Mol	5LVR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

43921 to 43935 of 73725 items. Total 4915 pages.