DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43966 CC1CCN2C(=O)C(C(N)O)CC=C2C1 Pocket2Mol 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43967 O=C(O)C1CCC2CCCCN2C1=O Pocket2Mol 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43968 COc1ccc2c(c1)CN=S(=O)(O)C2 Pocket2Mol 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43969 O=C(O)C1CCC2CC(O)CCN2C1=O Pocket2Mol 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43970 O=C(O)NO Pocket2Mol 5NXG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43971 CNC(=O)c1cnc2[nH]c(=O)c3ccc(-c4ccc5c(n4)C(=O)N(CCO)C(=O)C5=O)cc3n12 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43972 CC1=C2C(=O)OC3CC(C)N=C4C(NCCC(=O)O)=NCc5cc6c(c3c54)N2C(=NC6)N1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43973 c1ccc2c(c1)Nc1ccncc1N2 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43974 Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7c(=O)n(CC(=O)O)ccc7nc6nc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43975 CC(=O)OCc1ccc2cc3cc4c5c(ccc6c(=O)[nH]c7ncc(c(=O)n4C)n7c65)c3nc2c1 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43976 Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7cc(CC(=O)O)ccc7nc6cc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43977 O=C(O)Cc1ccc2nc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43978 CC(C(=O)O)n1ccc2cc3nc4c5c(ccc6c(=O)[nH]c7ncc(c(=O)n4C)n7c65)c3nc2c1=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43979 Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7c(=O)n(CC(=O)O)ccc7cc6nc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43980 O=C(O)Cn1ccc2cc3c(nc2c1=O)-c1ccc2cnc4ncc5n4c2c1C1N(CCN31)C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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