DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44026 CC1=C(C(=O)O)N2C(=NCC3=C2C=c2c(cnc4c2=NC=N4)C3)N1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44027 O=c1c2cnc3ncc4ccc5c6nc(Cc7ccncc7)ccc6c6c(c5c4n32)n1CC6 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44028 Cn1c2c3c(ccc4c(=O)[nH]c5ncc(c1=O)n5c43)C1=Nc3cc(CCC(=O)O)ccc3CC1=C=2 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44029 Cc1nc(N)c2nccnc2n1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44030 COCc1ccc2cc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44031 CCNC(=O)c1cnc2n1-c1cc(-c3ccc4cc(O)c(OC)cc4n3)c(O)cc1CN2 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44032 O=c1[nH]c2nc3c(=O)nc4c5ccccc5c5cccc1c5n2c34 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44033 CN1CC(C2=C=Nc3cnc4nccn4c32)=CN1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44034 CN1C(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C1Cc1cc2ccc(CC(=O)O)cc2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44035 CN1C(=O)c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)N1Cc1cc2ccc(CC(=O)O)cc2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44036 CC(C(=O)O)n1ccc2nc3nc4c5c(ccc6c(=O)[nH]c7ncc(c(=O)n4C)n7c65)c3nc2c1=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44037 c1nscc1-c1ccc2c3c1NCC1Cn4cnc5cnc(c(c54)N31)N2 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44038 O=C1NCCOc2cc3c(cc2-c2ccc4c(c2)N2C1=CNC2=NC4)CC(C(=O)O)CO3 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44039 COCn1ccc2nc3c(nc2c1=O)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44040 CN1C(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C1Cc1cc2ccc(CC(F)(F)F)cc2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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