Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
44041	O=C1c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)N2C(CCN12)c1nc2ccn(CCCO)c(=O)c2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44042	CC(=O)OCc1ccc2c(c1)N=C1c3ccc4c(=O)[nH]c5ncc6n5c4c3C3C(CCN3C6=O)C1C2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44043	O=C1c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C2N1CCN2c1nc2ccn(CCO)c(=O)c2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44044	COCn1ccc2nc3c4c5c6c(ccc7c(=O)[nH]c8ncc(c(=O)n5CC4)n8c76)c3nc2c1=O	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44045	O=C(O)Cn1ccc2nc3c(nc2c1=O)-c1c(O)cc2c4c1N1C3CCN1C(=O)c1cnc(n1-4)NC2	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44046	O=C1c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)C2N1CCN2c1nc2ccn(CCO)c(=O)c2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44047	O=C(O)CCN1CC2=CC(O)=CC3=C4CN5CC=Cc6nc(O)c7c(=O)c8cnc1c(c8n4c7c65)C23	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44048	Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7cc(CCC(F)(F)F)ccc7nc6cc1c5c4n32	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44049	Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7cc(CN(O)O)c(O)cc7cc6cc1c5c4n32	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44050	CNC(=O)c1cnc2[nH]c(=O)c3ccc(-c4ccc5ccn(CC(F)(F)F)c(=O)c5n4)cc3n12	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44051	CC(=O)OCc1ccc2c(c1)N=C1c3ccc4c(=O)[nH]c5ncc6c(=O)n7c(c3c4n56)=C(CC7)C1C2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44052	O=C(O)CCN1CC2=CC(O)=CC3=C4CN5C=CCc6nc(O)c7c(=O)c8ccc1c(c8n4c7c65)C23	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44053	Cc1cc(=O)n2ccccc2n1	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44054	CN1C(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C1Cc1nc2ccc(CC(F)(F)F)cc2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44055	O=C1CC(O)c2cccc3c2N1C=NC3	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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