Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
44071	CN1C(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C1Cc1nc2ccc(CCC(=O)O)cc2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44072	c1n[nH]c(-n2cncc2N2CCCC2)n1	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44073	O=c1c2cnc3ncc4ccc5c6nc(Cc7cccc(F)c7)ccc6c6c(c5c4n32)n1CC6	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44074	CNC(=O)c1cnc2[nH]c(=O)c3ccc(-c4ccc5ccn(CC(=O)O)c(=O)c5n4)cc3n12	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44075	O=C(O)Cn1ccc2cc3c(nc2c1=O)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1N(CCN31)C5=O	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44076	O=C1c2cnc3ncc4nc(O)c5c(c4n23)C2N1CCN2c1cc2ccc(CC(F)(F)F)cc2nc1-5	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44077	Cc1nn(C)c2nc3[nH]c(=O)c4ccccc4n3c12	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44078	COCc1ccc2nc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C(C3)N(C)C5=O	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44079	CN1Cc2nc3c(nc2CC1=O)OCCNC(=O)c1cnc2n1-c1cc-3c(O)cc1CN2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44080	CNC(=O)c1cnc2[nH]c(=O)c3ccc(-c4ccc5c(n4)C(=O)N(CC(O)F)CC5=O)cc3n12	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44081	COc1ccc(-c2ccc3c4c2C(=O)CC2Cn5ccc6c5C(C(=NC6)C3)N42)cc1	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44082	O=C(O)CCc1ccc2c(c1)N=C1C(=C3CCN4C(=O)c5cnc6[nH]c(=O)c7ccc1c(c7n56)C34)N2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44083	Cn1c(=O)c2cnc3ncc4ccc5c6nc7cc(CC(=O)O)ccc7cc6cc1c5c4n32	Pocket2Mol	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44084	O=C(O)C=C1C=CC2=C(C1)N=C1c3c(O)nc4cnc5ncc6c(=O)n7c(c3c4n56)=C(CC7)[C@H]1C2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44085	CN1C(=O)c2cnc3ncc4nc(O)c5c(c4n23)C1Cc1cc2c(nc1-5)CC(=CC(=O)O)C=C2	Pocket2Mol	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

44071 to 44085 of 73725 items. Total 4915 pages.