DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44011 O=C1NCCOc2ccc(Cc3ccncc3)nc2-c2ccc3cnc4ncc1n4c3c2 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44012 Cc1ccc2c3c1nc1sc4c(n13)C1c3c(cccc3-4)C=Cc3c1n-2c(=O)n3C Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44013 O=C(O)CCc1ccc2c(c1)N=C1C(=C3C=CN4C(=O)c5cnc6[nH]c(=O)c7ccc1c(c7n56)C34)N2 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44014 CC1=CN(CC(=O)NO)c2ncc3c(c2=N1)=CC1=C(CN=C2NC(C)=C(C(=O)O)N21)C3 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44015 O=C(O)OCCc1ccc2c(c1)-c1ccc3c(=O)[nH]c4ncc5n4c3c1C1N(CCN21)C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44016 Cn1c(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c6nc7cc(COC(=O)O)ccc7cc6cc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44017 COCc1ccc2cc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1N1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44018 COCc1ccc2cc3c(nc2c1)-c1c(O)nc2cnc4ncc5n4c2c1C1N(CCN31)C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44019 O=c1c2cnc3ncc4ccc5c6nc(Cc7ccccc7)ccc6c6c(c5c4n32)n1CC6 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44020 O=C1c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)C2N1CCN2c1cc2ccn(CCCO)c(=O)c2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44021 Cn1c(=O)c2cnc3ncc4ccc5c6nc7cc(CC(=O)O)ccc7nc6cc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44022 O=C(O)CCN1CC2=CC(O)=CC3=C4CN5C=CCc6nc(O)c7c(=O)c8cnc1c(c8n4c7c65)C23 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44023 COCn1ccc2nc3c(nc2c1=O)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1N(CCN31)C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44024 COP(=O)(O)Oc1cc(=O)n2c3c4c(ccc13)Nc1ncc3c5ccccc5n5c3c1N4C(C2)C5 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44025 CN1C(=O)c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)C1Cc1cc2ccc(COCO)cc2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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