DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44056 CCc1nc2c(c(O)c1-c1ccnnc1)C1=CC(=O)NC(=O)C1=NC2=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44057 Cc1nc(=O)c2cn[nH]c2[nH]1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44058 O=C1c2cnc3[nH]c(=O)c4ccc5c(c4n23)N2C(CCN12)c1nc2ccn(C(O)CO)c(=O)c2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44059 O=C1c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)N2C(CCN12)c1ccc(CC2=CC=NNC2)nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44060 O=C1CCNC(=O)C2=CNC3=NCc4ccc(cc4N23)C2=NN=CC2N1 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44061 CC1=C2C(=O)OCOC(=O)/N=c3/c(Nc4cncc(O)c4O)ncc4c3=CC3=C(CN=C(C1)N32)C4 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44062 Cn1c(=O)c2cnc3ccc4nc(O)c5c6nc7c(=O)n(CC(=O)O)ccc7cc6nc1c5c4n32 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44063 CNC(=O)c1cnc2[nH]c(=O)c3ccc(-c4cccc(CC(=O)NC(C)=O)n4)cc3n12 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44064 Cn1c(=O)c2cnc3ncc4nc(O)c5c6nc7c(cc6cc1c5c4n32)C=CC(=CC(=O)O)C7 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44065 O=C1c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)N2C(CCN12)c1ccc(Cc2ccncc2)nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44066 CC(O)n1ccc2cc3c(nc2c1=O)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44067 COCc1ccc2nc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44068 O=C1c2cnc3ncc4ccc5c(c4n23)C2N1CCN2c1nc2ccn(CC(F)(F)F)c(=O)c2nc1-5 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44069 O=C(O)CCc1ccc2cc3c(nc2c1)-c1ccc2c(=O)[nH]c4ncc5n4c2c1C1C3CCN1C5=O Pocket2Mol 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44070 C1=Nc2cnc3nccn3c2C=1c1cn[nH]c1 Pocket2Mol 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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