DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43846 Cc1sc2c3c1COc1nc4cc5ccc6c7c5c5c4c(c1-3)N1C2OCC2OC3=CCc4cnc(c=7c4=C3C5C21)N=6 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43847 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)ccc1=Cc1cnnc2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43848 OC1=CCC2=c3c1cnc1c3=c3c(ccc4cc5nc6c7c8c5c(c34)C2CN8C(O)C2CCC(=C72)CO6)=N1 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43849 C=C(CO)OCC1OC2=C(Cc3c(-c4ccccn4)ncc4cccc2c34)c2ccccc21 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43850 O=C1COc2nc3cc4c5c6c3c3c2C1CC1OCC2OC7CCc8cnc9c(c8=C7C6C2N31)=C5C(=N9)CC4 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43851 CC1C=CN2C(=C1)CCc1cc3c4c(n[nH]c4c12)C1=CC=NC2=Nc4c(c-3cc3ccccc43)C12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43852 Cc1cc(=O)n(C)c2cc(N)ncc12 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43853 FC1=CNC2=Nc3[nH]ccc3CC2=C1 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43854 Cc1cccc(-c2ccc(C)c(C=C3C=C(C(=N)NCC4=CC=NC4)c4cc(O)c(C(=O)O)nc43)c2)c1 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43855 CC1=CCN(O)C2=C1N=c1c2cccc1=Cc1cncc2cc([C@@H](C)C(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43856 O=C1NC(=O)C2C=CN=C3N=c4cccc1c4=C32 Pocket2Mol 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43857 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)nc(O)c1=Cc1c(C)[nH]c2cc(C(=O)C(N)=O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43858 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)cc(F)c1=Cc1cnnc2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43859 Nc1nccc2c3c4c(cc12)-c1cc2c(c5[nH]nc(c15)C1=CC=NC(=N3)C14)-n1ccc(=O)cc1CC2 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43860 Cc1ccnc2c1N=c1c-2c(N)ncc1=Cc1c[nH]c2cc(CC(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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