DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45976 COC1C=CC=C2C(=O)N(CC3CCCN3CCO)C(=O)CN21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45977 CN1C(=O)C2C3C(CCN3C1=O)OC1c3c(O)c[n+]([O-])cc3N(C)C(=O)N12 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45978 COC1C=CC=C2C(=O)N(CC3CCCN3CC(=O)O)C(=O)CN21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45979 CCC1N=CC=C1C(C)NCC(=O)N1C(c2ccccn2)CC(O)C1CO Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45980 CC1(C)Oc2cc3c(c(=O)n2C2CC(O)C(O)C21)CCCC3CC(=O)O Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45981 CC1NC(=O)Nc2cc3ncn(C4CCNC(=O)C(C)(C)C4)c3nc21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45982 Cc1ccc(O)c(C(N)=O)c1 Pocket2Mol 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45983 COc1ccc(C2N=C(N)C(C)=[SH]2)cc1 Pocket2Mol 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45984 NC(=O)c1ccc(C2=C(O)C(=O)N=C2)cc1O Pocket2Mol 6GGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45985 C1=CC=C(C2C=CC=N2)C=1 Pocket2Mol 6GGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45986 CCNCc1ccc(O)c(C(=O)O)c1 Pocket2Mol 5CC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45987 NC(=O)C1=CC(C2=CC=CC2)CCC1 Pocket2Mol 5CC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45988 CCc1ccc2c(O)c(C)c(=O)[nH]c2c1 Pocket2Mol 5CC2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45989 CC1CC(C(N)=O)=CC(CO)C1 Pocket2Mol 5CC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45990 O=C(O)CCCn1c(=O)[nH]c(=O)c2c(OC3CCNC3)cc(O)c(C(=O)O)c21 Pocket2Mol 6HH5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

45976 to 45990 of 73725 items. Total 4915 pages.