Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
45946	CNC=c1cccc2c1=N[C@H]1N(C2)C[C@@H](C)CN1C(=O)c1cccc(O)c1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45947	COC(OCCO)N1CC2OC(CO)C(O)C(CNCCO)N2C(=O)C1C	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45948	CC1OC2C(O)C(CO)C(C)C(=O)N2CC1O	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45949	O=C1OC(C(O)CO)CN2C(=O)C3CCC4(O)COCC(O)C4N3C(=O)C12	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45950	CNC(=O)N1CCC(N2CC3=NC(N)CCC3C(C)C2=O)C1	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45951	Nc1ccccn1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45952	CC1NC(=O)Nc2cc3c(nc21)N(C1CCNC(=O)C(C)(N)C1)CN3C	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45953	CC(CN1C(=O)CN2C(=CN(C)CC2O)C1=O)NC1=NC=CC1O	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45954	CNCc1cc(NCC(=O)N2CCCC2C(=O)O)ncn1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45955	O=C1c2cnc(N3CC4CNC5COC(C3)C5O4)n2CC2NCCCN12	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45956	C[C@@H]1CC2Cc3cccc(=CN)c3=N[C@@H]2N(C(=O)c2cccc(O)c2)C1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45957	CNC(=O)N1CCCC1CN1CC2=NC(N)=CCC2C(C)C1=O	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45958	CCC1NCC=C1C(=O)NCC(=O)N1C(c2ccccn2)CC(O)C1CO	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45959	CC1=NCC2C=C1NCC(=O)N1C(C(=O)O)CCC1c1nccc2n1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45960	CCOc1ccccc1CN1CC(O)C(C)N=C1c1ccccn1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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