DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45931 CC1C2CN(CCN(C)c3ccccc3)C(=O)CC2=CC2=CCCN21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45932 O=C1Nc2c(O)cccc2N2CN(C34CCCC3CC(O)C4)C(=O)C=C12 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45933 CNc1cc(N(C)C)c(O)c2c1C(=O)NCN2CCNC(=O)OCCO Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45934 CN(CCN1CC2C(=CC(=O)NC2C(=O)O)CC1=O)C1=CC=CCC1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45935 CC1C2CN(CCN(C)c3ccccc3)C(=O)CC2=CC2=CC=CCN21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45936 CNC(=O)CC1CC=Cc2c1cc1n(c2=O)C2CC(O)C(O)C2C(C)(C)O1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45937 O=C1Nc2c(O)cccc2N2CN(C34CC(O)CC3CCC4O)C(=O)C=C12 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45938 O=C1Nc2c(O)cccc2N2CN(C3(C(=O)O)CCC(O)C3)C(=O)C=C12 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45939 NC1CC(N2CSc3cc4c(nc32)C2CCCN2C=N4)CCNC1=O Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45940 CN(CCN1CC2C(=CC3=CCCN3C2C(=O)O)CC1=O)c1ccccn1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45941 Nc1cccc(C(=O)N2CC3CCCN3c3nc4ccncc4nc32)c1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45942 C=C1CC(=O)C2CCC3N(C)C4=NC5CCCCC5(C)C(O)N4C(=O)C23C1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45943 CN(CCN1CC2C(=Cc3cccn3C2C(=O)O)CC1=O)c1ccccn1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45944 CC1=C(O)C(=O)CN=C1CO Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45945 C[C@@H]1C[C@@H]2Nc3cccc(=CN)c3=N[C@@H]2N(C(=O)c2cccc(O)c2)C1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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