DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45871 OC1CC2NCCc3c(cnc4c3NC3NCC=C5NCCN4C53)C2C1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45872 Cc1cc2c(cc1O)N1C(CC2)C(=O)N2CC(CO)C(O)CC2C1O Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45873 CN1N=C2C3=CCC(=N3)C3CC(=O)C(CO)N3C(=O)CNC3C(F)CC1N23 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45874 CCNCC(O)CO Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45875 CC1=NC(=O)C2CCC3N(C)C4=NC(c5ccccc5)=C=CN4C(=O)C23C1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45876 CN1N=C2C3=CCC(=N3)C3CC(=O)C(CO)N3C(=O)CNC3CCC1C23 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45877 O=C1CNC2=CC(CC(O)C2)c2ccnc(n2)C2CC(O)C(CO)N12 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45878 CN1c2ncc3c(c2NC2NCC=C(N)C21)C=NCC1=CC(O)CC13 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45879 O=C1C2CCc3cc(O)c(O)cc3N2C2OCCC3CC(CO)CN1C32 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45880 O=C(O)C1CC2C=COC3C2N(C1)C(=O)C1CCc2cc(O)ccc2N13 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45881 CC1=CC=C2C(=O)C3=C(N=C2C1)N(C(=O)c1cccc(O)c1)CC(C)C3 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45882 Cc1nc(=O)c2nc3c(ncn3C3CCNC(CN)C3)nc2[nH]1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45883 CC1NC(=O)Nc2cc3c(nc21)N(C1CCNCC(CO)C1)CC3 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45884 C=C1CC(=O)C2CCC3N(C)C4=NC(c5ccccc5)=C=CN4C(=O)C23C1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45885 CC(CN1CCC(O)C1C(O)C(C)O)c1cc(C(=O)O)cc(N)n1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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