DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45841 CC1N=C2NC(=O)C3N=C(c4ncc[nH]4)C=C3N2C(=O)C1=O Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45842 CC1N=C2NC(=O)C3N=C(C4=NC=C=N4)C=C3N2C(=O)C1=O Pocket2Mol 5VC3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45843 CC1N=C2NC(=O)C3N=C(C4=NCN=N4)C=C3N2C(=O)C1=O Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45844 C[C@@H]1C=CC(=C2C=NC3=C4N=CC=C4CN=C23)S1 Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45845 COc1cc2c(c(C)c1C(=O)O)CNC1=NC(C)CC(=O)N12 Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45846 COc1cc2c(c3ccccc13)CNC1=NC(C)CC(=O)N12 Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45847 CC1=NCC2C=C1NCC(=O)N1C(CC(O)C1CO)c1nccc2n1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45848 CNC=c1cccc2c1=N[C@H]1[C@H](C2)C[C@@H](C)CN1C(=O)c1cccc(O)c1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45849 CNC(=O)N1CCCC1CN1CC2=NC(N)NCC2C(C)C1=O Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45850 N=CNC1CC2CC(O)CC1(CO)O2 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45851 CCC1NCC=C1C(=O)NCC(=O)N1C(C2=NCCC2)CC(O)C1CO Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45852 COC1=C2CCCC23CN(c2cccc(F)c2F)C(=O)C(=O)N3CC1N Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45853 CC1=NC2=C(N=C3CCCCC3C2=O)N(C(=O)c2cccc(O)c2)C1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45854 CC1C2=C(CCC(O)C2)N=C2N(C)C3CCC4C=C(O)C=CC43C(=O)N21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45855 CN1c2nc(CC(=O)O)cn2C(=O)C23CC4CCCN4C(=O)C2CCC13 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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