DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45826 O=C(O)c1ccc2c(c1)Oc1c(c3ccccc3c3ccccc13)O2 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45827 Cc1cccc2c1c1c(c3ccccc32)Oc2cc(C(=O)O)ccc2O1 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45828 CC1=C2c3ccccc3C3=C(Oc4ccc(C(N)=O)cc4O3)C2N(C)N1 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45829 CC1=C2c3ccccc3C3=C(Oc4ccc(C(=O)O)cc4N3)C2N(C)N1 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45830 Cc1nccc2c1c1c(c3ccccc32)Oc2cc(C(=O)O)ccc2O1 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45831 CC=C[C@@H]1C(C)=CN=C1C Pocket2Mol 4XIT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45832 Cc1oc(C)c2c1c1c(c3ccccc32)Oc2cc(C(=O)O)ccc2O1 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45833 O=C(O)c1ccc2c(c1)Oc1c(c3c(O)cccc3c3ccccc13)O2 Pocket2Mol 4XIT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45834 NC1=CN=CN2C1=NCn1c2nc2c(O)ncnc21 Pocket2Mol 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45835 Nc1ncnc2c1C(=O)NCN2C1OC(CO)C(O)C1O Pocket2Mol 6FHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45836 O=C1NCNC2=C1N1CN3C(CO)COCC3C(O)C1N2 Pocket2Mol 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45837 NC1=CN=CN2C1=NCn1c2nc2cccnc21 Pocket2Mol 6FHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45838 Cc1c2c(cc3c1CNC1=NC(C)CC(=O)N13)OCCCC2 Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45839 COc1cc2c(c(C)c1CO)CNC1=NC(C)CC(=O)N12 Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45840 CC1CC(=O)N2C(=N1)NC(=O)c1c2ccc(C(=O)O)c1N Pocket2Mol 5VC3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

45826 to 45840 of 73725 items. Total 4915 pages.