Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
45886	CC1NC(=O)Nc2cc3c(nc21)N(C1CCNC(=O)C(C)(N)C1)CC3	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45887	CC1OC(C(O)CO)CN2C(=O)C3CCC4(O)COCC(O)C4N3C(=O)C12	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45888	CC(=O)NCc1nc2n(c1N)C(=O)C13CC(C)(O)CC(=O)C1CCC3N2C	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45889	CC=Cc1cnc2c(n1)N(C(=O)c1cccc(CO)c1)C[C@H](C)N2	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45890	CC(N)C1C(O)CCN1Cc1cc(O)cc2cccnc12	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45891	CCOc1ccccc1CN1CC(O)C(=O)N=C1c1ccccn1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45892	Cc1ccc(C)c2nc3c(cc12)CC(C)CN3C(=O)c1cccc(CO)c1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45893	O=C1C2CCc3cc(O)c(O)cc3N2C(O)C2CCC(CO)CN12	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45894	CN1C2=C(N=C(C(=N)N)C2)N(C2CCC(O)C(N)C2)CC1O	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45895	O=C1CN2CCC3NCCNC3=C2C(=O)N1CC1CCCN1C1=NN=CC1	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45896	O=C1CCC2(OC(CO)N3CC(O)CC3C2=O)c2ccccc21	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45897	CN1N=C2C3=CCC(=N3)C3CC(=O)C(CO)N3C(=O)CNC3C(=O)CC1C23	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45898	C[C@H]1Cc2cnc3c4c2n(c(=NC(N)=O)c(=O)n4CN(C)C3=O)C1	Pocket2Mol	3U5Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45899	O=C(c1cccc(CO)c1)N1CC2CCCN2c2nc3ccccc3nc21	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
45900	CCC1NCC=C1C(=O)NCC(=O)N1C(C2=NC=CC2)CC(O)C1CO	Pocket2Mol	3U5Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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