DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
45901 CC1CCN2CC3C(C)N=C(N4CC5CNC6OOC(C4)C6O5)N3CC2N1 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45902 CC1CN(C(=O)c2cccc(O)c2)C2=C(N1)C(=O)C1=CC=CCC1=N2 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45903 CN1C=C2C(=O)N(CC3CCCN3C3=NC=CC3)C(=O)CN2C(O)C1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45904 CC1NC(=O)Nc2cc3c(nc21)N(C1CCNC(O)C(C)C1)CC3 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45905 C=C1CC23C(=O)n4c(nc(C(C)=O)c4N)N(C)C2CCC3C(=O)N1O Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45906 Nc1cc2c(cn1)CCC1C(=O)N3CCC(CO)C(O)C3C(O)N21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45907 CNC=c1cccc2c1=N[C@H]1C(=N2)C[C@@H](C)CN1C(=O)c1cccc(O)c1 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45908 CC1CC=C2CC(=O)N(CCN(C)C3=C(O)C=CC3)CC2C1C(=O)N=O Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45909 O=C1CC2=NN=C3C4=CCC(=N4)C4CC(=O)C(CO)N4C(=O)CNC1C23 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45910 Cc1ccc2c(c1)CCC1C(=O)N3CC(CO)CC4C=COC(C43)N21 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45911 Cc1c(CCCO)cc(O)c2c1NC1NCCC(O)C1N2 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45912 CNC=c1ccnc2c1=NC1=C(C[C@@H](C)CN1C(=O)c1cccc(O)c1)N2 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45913 CCC1NC(=O)Nc2nc3ccn(C4CCNC(CN)C4)c3nc21 Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45914 CN1N=C2C3=CCC(=N3)C3CC(O)C(CO)N3C(=O)CNC3C(F)CC1N23 Pocket2Mol 3U5Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
45915 NC1CC(N2CCc3cc4c(nc32)C(CCCO)NC=C4)CCNC1=O Pocket2Mol 3U5Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

45901 to 45915 of 73725 items. Total 4915 pages.