DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49096 CCCOc1cc2c(OC)cc(OC)c(O)c2cc1O Pocket2Mol 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49097 Oc1ccccc1 Pocket2Mol 4CIG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49098 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(=O)(=O)O)cc1C1C(=O)C=CCN1C2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49099 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(=O)(=O)O)cc1C(C(=O)O)NC2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49100 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(=O)(=O)O)c3cccc(c13)N(O)C2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49101 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(=O)(=O)O)cc1C1C(=O)CCCN1C2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49102 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(=O)(=O)O)cc1C1C(=O)CC=CN1C2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49103 NS(O)(O)O Pocket2Mol 5LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49104 Cc1ccc2c(c1)-c1cn(S(N)(=O)=O)cc1C(C)N(CC(C)O)C2=O Pocket2Mol 5LLP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49105 Cc1ccc(C2=CC=Cn3c(nc4c5c(ccc43)SCC=C5)C2)[nH]c1=O Pocket2Mol 4ZO5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49106 Cc1cnc2c3c(ccc2c1O)CC(O)n1c(nc2c4c(ccc21)SCC=C4)C3 Pocket2Mol 4ZO5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49107 O=c1[nH]c(=O)c2c3c(c(O)nc2[nH]1)C=Cn1c(nc2c4c(ccc21)SCC=C4)C3 Pocket2Mol 4ZO5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49108 Cc1cnc(C2=CC=Cn3c(nc4c5c(ccc43)SCC=C5)C2)[nH]c1=O Pocket2Mol 4ZO5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49109 Cc1ccc2c(c1)OC=C1CC(=O)C=C3N=C(c4ccc(C)c(CO)c4)C=C2N13 Pocket2Mol 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49110 Cc1ccc2c(c1)OC=C1C(=O)CC=C3N=C(c4ccc(O)c(O)c4)C=C2N31 Pocket2Mol 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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