DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49126 NC1=Nc2c(c3cc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cnc3c(=O)n2O)C1 Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49127 O=C1CN=CCN1c1cccc2c1Cc1cccnc3ncc-2c1-3 Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49128 NC(=O)c1ccc(-c2cnc3c(=O)n(O)c4c(c3c2)CC(N)=N4)cc1 Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49129 NC(=O)c1ccc(-c2cnc3c(=O)n(O)c4c(c3n2)CC(N)=N4)cc1 Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49130 NCc1ccc(-c2cnc3c(=O)n(O)c4c(c3c2)CC(N)=N4)cc1O Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49131 NCc1ccc(-c2cnc3c(c2)-c2[nH]c(N)nc2N(O)C3O)cc1 Pocket2Mol 6N7A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49132 CCCNc1cc2c(C(=O)O)c(OC)ccc2cc1O Pocket2Mol 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49133 Cc1oc(=O)c2c(O)c(O)ccc2c1-c1ccccn1 Pocket2Mol 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49134 Cc1ccnc(-c2c(C)oc(=O)c3c(O)c(O)ccc23)c1 Pocket2Mol 4CK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49135 COc1ccc2cc3ccc(C)cc3c(O)c2c1O Pocket2Mol 4CK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49136 O=C1OCCc2c3c(cc4ccccc24)OCC/C=C/1O3 Pocket2Mol 4CJP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49137 Cc1cc(O)c2c(c1)C(C(=O)O)CC(=O)CC(C)O2 Pocket2Mol 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49138 COc1cccc2c1c(=O)oc1cc3ccccc3cc12 Pocket2Mol 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49139 COc1c(C)ccc2c1Oc1cc3ccccc3cc1O2 Pocket2Mol 4CJP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49140 O=C(O)CC1c2cc3ccccc3cc2OC1O Pocket2Mol 4CJP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49126 to 49140 of 73725 items. Total 4915 pages.