DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49186 NC1=Nc2cc(O)cc3cc(CO)c(C(=O)NCCC(=O)O)c(c23)N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49187 CC1CC(C)(c2ccccc2)NC2=C(C(=O)O)C3NCCC3CN21 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49188 CC1(c2c(O)ccc(O)c2O)NC(=O)c2cc3cc[nH]c3c(C(=O)O)c2N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49189 CC12Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1COc1ccc(O)c(O)c12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49190 CC12Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1=COc1ccc(O)c(O)c12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49191 O=C1CCCCN1c1cc2c(cc1C=CO)oc(=O)c1cnc(OCO)cc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49192 COCc1cc(C2=Nc3c(cc(C)cc3-c3ccccc3)CCO2)ccc1O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49193 CC12Nc3c(cc4cccnc4c3C(=O)O)C(=O)C1=COc1c(O)cccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49194 CC12Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1COc1ccccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49195 Cc1ccc2c(c1O)C1(C)Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1=CO2 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49196 c1ccc(-c2ccncc2)cc1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49197 Cc1nc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)C(=COc2ccccc21)C3=O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49198 CC1CC(C)(c2ccccc2O)NC2=C(C(=O)O)C3NC(=O)CC3CN21 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49199 Cc1nc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)C(=COc2ccccc21)C3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49200 COc1c2c(cc(O)c1OO)N(C)c1c(c(C(=O)O)cc3ccccc13)C2 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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