DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49216 Cc1ccc2c3c(ccc2c1)-c1nc(C)c(O)c(O)c1CC3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49217 Cc1cc2cnc(NC(C)c3c(O)cccc3O)c(C(=O)O)c2[nH]1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49218 CC12Nc3c(cc4scnc4c3C(=O)O)C(=O)C1COc1c(O)cccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49219 CC1(c2ccccc2O)CCN2CC3=C(NC(=O)C3)C(C(=O)O)=C2N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49220 Cc1nc2cnc(NC(C)c3c(O)ccc(O)c3O)c(C(=O)O)c2[nH]1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49221 CC1(c2ccccc2)CCN2CC3CCC(=O)NC3C(C(=O)O)=C2N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49222 Cc1cc2cc(O)cc3c2c(c1C(=O)NCC(=CO)C(=O)O)NC(N)=N3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49223 CC(Nc1ncc2c(c1C(=O)O)NC=C=C2)c1ccc(=O)n(C)c1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49224 Cc1cc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)c2c(O)ccc(O)c2OCC1C3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49225 Cc1cc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)c2ccccc2OCC1C3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49226 CC12Nc3c(cc4c(c3C(=O)O)NC(=O)C4)CC1COc1c(O)cccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49227 NC(=O)c1cc2c(cc1N1CCCCC1=O)Cc1cccc(O)c1O2 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49228 COc1ccc(-c2ccc(C)cc2)cc1OC Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49229 Cc1cc2cc(O)cc3c2c(c1C(=O)NCCC(=O)O)NC(N)=N3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49230 COc1c(O)cc2c(c1OC)Cc1c(C(=O)O)cc3ccccc3c1N2C Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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