DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49276 O=C(O)c1ccc2ccc(O)cc2c1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49277 O=C1CC2=C3C(=C=CC=C13)c1ccccc1-c1oc3ccccc3c12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49278 O=C(O)c1ccc(C(=O)O)c2cc3c(cc12)oc1c(O)cccc13 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49279 C=C1CC(C)(c2cc(O)ccc2O)NC2=C(C(=O)O)C3NC(C)C=C3C(=O)N12 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49280 Cc1nc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)C(=COc2c(O)cccc21)C3=O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49281 COc1cc(C=CC=O)cc(C(=O)O)c1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49282 O=C(O)C1=CCC(C(=O)O)c2cc3c(cc21)oc1c(O)cccc13 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49283 CC1(c2ccccc2)CCN2Cc3cc[nH]c3C(C(=O)O)=C2N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49284 Cc1cc2c([nH]1)C(C(=O)O)=C1NC(C)(c3cccnc3)CC(C)N1C2 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49285 CC(Nc1ncc2c(c1C(=O)O)NC=C=C2)c1cccnc1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49286 Cc1nc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)C(=COc2cccc(O)c21)C3=O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49287 CC1(c2ccccc2)CCN2CC3=CC(=O)NC3C(C(=O)O)=C2N1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49288 CC12Nc3c(cc4c(c3C(=O)O)NC(=O)C4)CC1C(O)Oc1ccccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49289 CCC1CC(C(=O)O)=C2NC(C3=CCC(=O)NC3=O)CCCCC2C1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49290 O=C(C1=CCc2ccccc2C1)C1=C2C=CC=C=C2C(C2CCCC2)C1 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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