DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49291 COc1ccc(C)c(Cc2cc3ccccc3c3c2CCC=C3)c1 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49292 CCc1cc(C(=O)C2=CCc3ccccc3C2)c2ccn(C)c2c1 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49293 COc1cc(C)c(Cc2cc3ccccc3c3c2CCC=C3)cc1OC Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49294 O=C(C1=CCc2ccccc2C1)C1=Cc2c(O)cc3c(c2C1)CC=CC3 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49295 c1ccc(-c2ccccc2)cc1 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49296 Cc1cc2c(cc1Cc1cc3ccccc3c3c1CCC=C3)OC=CO2 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49297 O=C(C1=CCc2ccccc2C1)C1=Cc2c(O)cc3c(c2C1)CCCC3 Pocket2Mol 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49298 O=C1Nc2nc3cccc4c(-n5cnnc5)nc5c(c2=C1C(=O)C1CCCC51)c34 Pocket2Mol 5C8N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49299 O=C1Nc2nc3cncc4c(C(=O)O)cc5c(c2=C1C(=O)N1CCCC51)c34 Pocket2Mol 5C8N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49300 O=C1Nc2ccc3nc4c5c6c(cc(c2c36)C1=O)C1CCCN1C(=O)C=5C(=O)N4 Pocket2Mol 5C8N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49301 CC1C(=O)Nc2ccc3nc4c5c6c(cc1c2c36)C1CCCN1C(=O)C=5C(=O)N4 Pocket2Mol 5C8N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49302 O=C1Nc2nc3cccc4c(C(=O)O)cc5c(c2=C1C(=O)N1CCCC51)c34 Pocket2Mol 5C8N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49303 Cc1c(O)cc(CC(=O)O)c2[nH]c(=O)[nH]c(=O)c12 Pocket2Mol 4KXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49304 CN=c1ccn2c(=O)[nH]c(=O)c3c(C(=O)O)ccc1c32 Pocket2Mol 4KXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49305 CN=c1ccn2c(=O)[nH]c(=O)c3c(C(=O)O)cnc1c32 Pocket2Mol 4KXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49291 to 49305 of 73725 items. Total 4915 pages.