DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49231 Cc1ccc(C(CN)CO)cc1O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49232 CC(=O)OC1c2cc(C(=O)O)cc(O)c2C(=O)N2CC(=O)N(C)CC12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49233 Cc1ccc2c3c(ccc2c1)C1=NC(=O)C(=O)C(O)=C1CC3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49234 C=CC=Cc1cc(OC)cc(C(=O)OCC)c1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49235 Cc1cccc2ccc(C(O)CO)cc12 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49236 Cc1cc2cnc(NC(C)c3c(O)ccc(O)c3O)c(C(=O)O)c2[nH]1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49237 O=C(O)C(=O)C(=O)C1Nc2c(cc3ccccc3c2C(=O)O)CO1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49238 Cc1nc2cc(O)ccc2c2c1C(=O)N1C=C(C(=O)O)CC3=C1N2CC(=O)C3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49239 OCC(O)C1CC(O)c2cc3ccccc3cc2N1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49240 N#Cc1ccc(C(=O)O)c2cc3c(cc12)oc1c(O)cccc13 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49241 C=C1CC(C)(c2ccccc2O)NC2=C(C(=O)O)C3NC(=O)C=C3C(=O)N12 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49242 CC12Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1=COc1ccccc12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49243 Cc1cc(O)c2c(c1)C1(C)Nc3c(cc4cc[nH]c4c3C(=O)O)C(=O)C1CO2 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49244 C=C1CC(C)(c2cc(O)ccc2O)NC2=C(C(=O)O)C3NC(C)CC3C(=O)N12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49245 CC1(c2cccc(O)c2O)NC(=O)c2cc3c(c(C(=O)O)c2N1)N=CC3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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